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En general, las complicaciones en la electrocirugía son causadas principalmente por las corrientes estacionarias, que transfieren energía de forma no controlada, sin embargo, si se tiene un buen control del equipo, no debe existir este tipo de riesgos. A pesar de esto, existen otro tipo de desventajas de esta técnica, las cuales se presentan a continuación.

Estudios a través de los años han demostrado que el humo proveniente de la electrocirugía contiene una gran cantidad de sustancias tóxicas químicas que son carcinogénicas. Además, este humo contiene dentritos celulares que pueden afectar tanto al médico como al paciente. Es por esta razón que se requiere el uso de extractores de humo especializados, pero esto no evita que los químicos generados al interior de la cavidad peritoneal sean absorbidos en la circulación sistémica del paciente, lo cual se ha evidenciado por el gran incremento de carboxyhemoglobina y metahemoglobina circulante después de este tipo de intervenciones. Además, este humo puede también afectar la visibilidad del médico.

A nivel de los dispositivos cardíacos implantables como son los marcapasos y los desfribiladores implantables cardíacos, se ha observado una gran cantidad de contraindicaciones en el momento de realizar un procedimiento mediante electrocirugía. Si se utiliza el dispositivo de electrocirugía para realizar la cauterización de vasos, el único inconveniente que se presenta es el calentamiento del dispositivo por aplicación directa sobre este. Sin embargo, la electrocirugía produce fuerzas electromagnéticas que pueden interferir con el funcionamiento del dispositivo y pueden generar bradicardia, reprogramación del dispositivo y estimulación directa del miocardio. La asístole se debe principalmente a que el marcapasos identifica la corriente de electrocirugía como la corriente proveniente del corazón e intenta de cierta manera «arreglar las irregularidades en esta corriente» y va a cesar esta actividad hasta que se detenga la corriente de interferencia.

Otra desventaja de la electrocirugía es el hecho de que la distribución de corriente en el electrodo de dispersión o electrodo neutro no es homogénea ya que en el centro, la corriente es totalmente perpendicular a la superficie mientras que en los bordes, la corriente apunta hacia fuera del electrodo, lo que conlleva a un aumento de la temperatura en el tejido en contacto directo con el centro del electrodo. Un ejemplo de distribución de corriente en el electrodo de dispersión se muestra en la siguiente figura:

Además de los elementos previamente mencionados, se puede presentar otro tipo de complicaciones con el uso de la electrocirugía:

  • Quemaduras: Las quemaduras pueden ser causadas por colocar el electrodo neutro en una superficie lesionada del paciente, por ubicarlo en una prominencia ósea por contacto con elementos metálicos externos. Sin embargo, existe un factor de gran importancia a tener en cuenta al realizar una cirugía y es que la piel del paciente no debe ser preparada con alcohol. Además, no se debe usa anestesia tópica ni oxígeno durante este procedimiento.
  • Choque eléctrico: Este puede ocurrir por contacto del paciente con algún elemento metálico o con el médico que realiza la cirugía.
  • Daño ocular: Esta contraindicado realizar intervenciones cerca del ojo ya que se puede forma un arco de corriente hacia el globo ocular.